在研究生物学功能的时候,一般同源性序列意味着相似性,虽然序列相似不一定可以说明序列同源,但是相似度高的序列很有可能也是同源的,这一假设对研究基因和蛋白质很有帮助。一对残基间可能的比对只有三种, 序列X的碱基A比对到序列Y的碱基B; 序列X的碱基A比对到序列Y的空位; 序列X的空位比对到序列Y的碱基B;下面基于此介绍一下比对的方法。序列X: AAG序列Y:......
KEGG数据库是了解生物系统(例如细胞、生物、生态系统)的实用性数据库,是国际最常用的生物信息数据库之一。一般进行kegg注释我们都是通过kegg网页版或者其API进行提交,今天我们介绍一个基于hmm模型进行本地kegg注释的软件KofamKOALA。 KofamKOALA 基于KOfam(KEGG Orthologs (KOs)定制的HMM数据库),通过使用HM......
蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。一般来说,现在分析蛋白质互作网络使用的是string在线数据库进行分析,而后再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。一、string数据库的使用官网:https://www.string-db.org/打开官网,点击Multiple Proteins ,在输入框中输入差异表达基因名,一行一个,选择好物种后,点......
进行数据分析,难免需要撰写分析报告,但是经常分析得项目来说,每次都要重新创建书写报告比较麻烦,故将其集成到流程中会方便很多。......
手上的树莓派3B+在手上吃灰了不久,最近打算拿它玩玩,而且官方也出了64位的系统,但是试了下发现bug有点多,所以转而安装了ubuntu server。在使用vcgencmd时发现报错VCHI initialization failed在百度和谷歌了一波后,终于解决了该问题,故在此记录下。1、在文件/boot/firmware/config.txt的all选项下添加以下......