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基于HMM模型的kegg注释软件KofamKOALA

KEGG数据库是了解生物系统(例如细胞、生物、生态系统)的实用性数据库,是国际最常用的生物信息数据库之一。一般进行kegg注释我们都是通过kegg网页版或者其API进行提交,今天我们介绍一个基于hmm模型进行本地kegg注释的软件KofamKOALA。       KofamKOALA 基于KOfam(KEGG Orthologs (KOs)定制的HMM数据库),通过使用HM......

蛋白互作网络分析(PPI)

蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。一般来说,现在分析蛋白质互作网络使用的是string在线数据库进行分析,而后再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。一、string数据库的使用官网:https://www.string-db.org/打开官网,点击Multiple Proteins ,在输入框中输入差异表达基因名,一行一个,选择好物种后,点......

python基于模板自动生成报告

进行数据分析,难免需要撰写分析报告,但是经常分析得项目来说,每次都要重新创建书写报告比较麻烦,故将其集成到流程中会方便很多。......

树莓派使用vcgencmd命令出错

手上的树莓派3B+在手上吃灰了不久,最近打算拿它玩玩,而且官方也出了64位的系统,但是试了下发现bug有点多,所以转而安装了ubuntu server。在使用vcgencmd时发现报错VCHI initialization failed在百度和谷歌了一波后,终于解决了该问题,故在此记录下。1、在文件/boot/firmware/config.txt的all选项下添加以下......

Deepin 20.1使用TPLINK WN726N USB无线网卡

由于没有有线网络可用,故给台式机添加个USB无线网卡TPLINK WN726N,但是其在deepin中不能直接使用,需要手动安装对应的驱动才行。首先使用命令lsusb查看对应的网卡型号从上图中我们可以看到其对应的ID为0bda:b711,不过这张图是我安装驱动后截的,安装之前的ID显示为0bda:1a2b,这个id为什么会在安装驱动前后会发生变化我不太清楚,不过......

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