生信之旅

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Linux 安装Blast本地版

Blast是我们在分析数据常用的一个软件,功能是序列比对,相信生物类的同学应该多多少少都会用它的网页版不过网页版有其局限性: 上传的序列不能过大 不能使用自己构建的数据库等网页版有一定的局限性,所以说我们需要构建自己本地的Blast环境,下面我就分步骤来说明下Blast本地安装。一、下载Blast安装包到Blast的官网(https://......

虚拟机VirtualBox安装Linux系统

今天我们来讲下Linux系统的安装,由于我常用的是Debian系的linux系统(毕竟大学时入门的是Ubuntu),所以我今天就讲下这个的安装,不过其实Linux系统的安装都差不多。一、准备 虚拟机:Oracle VM VirtualBox或者VM(当然如果你有真实机器也行或者弄个双系统啥的,我这里用的是VirtualBox) Linux系统:这里我用的是深度,毕竟桌面页面......

云服务器推荐

作为生信分析人员,学会Linux是硬性要求,毕竟大多数软件都是Linux平台的,对于初学者来说,这是有一定难度的。要学习Linux,就必须要有Linux系统,一般来说有以下几种方式: Windows10平台可以开启WSL; 安装虚拟机; 机器安装linux系统(这个建议对Linux有一定了解再折腾吧) 购买vps,使用云服务器这里主要讲最后一种,毕......

GGPLOT2 设置坐标轴标签颜色

之前在网上看到别人的图的坐标轴的标签有颜色,当时就很好奇这是如何实现,所以后面查了一波资料,并且不断尝试,最终终于让我研究出来了,故在此记录一下,也为了能帮助到需要的人,闲话不多说了,让我们开始吧。一、具体代码library(ggplot2)test_data <-data.frame(x=c("sample1","sample2","sample3",y=c(10,15,......

曼哈顿图的绘制

昨天我们已经介绍了GWAS分析,今天我们来介绍下曼哈顿图的绘制,一般来说,我们常使用R,qqman包来进行绘制的,但是个人觉得其配色不是很好看,今天向大家推荐一个R包CMplot(github项目地址:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot),该包不仅可以绘制曼哈顿图、qq图,还可以绘制SNP分布热图,配色方面也很美观,先来欣赏下吧(由测试数据绘制)。......

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