ANNOVAR 是一种高效的软件工具,可利用最新信息对从不同基因组(包括人类基因组 hg18、hg19、hg38 以及小鼠、蠕虫、果蝇、酵母和许多其他基因组)中检测到的遗传变异进行功能注释。ANNOVAR 可以执行: 基于基因的注释:确定 SNP 或者 CNV 是否会导致蛋白质编码变化和影响氨基酸。用户可以灵活使用RefSeq genes, UCSC genes, ENSEMBL ge......
一、简介HLA即人类白细胞抗原(human leukocyte antigen),是编码人类的主要组织相容性复合体(MHC)的基因。其位于6号染色体的短臂上(6p21.31),包括一系列紧密连锁的基因座,与人类的免疫系统功能密切相关。其中部分基因编码细胞表面抗原,成为每个人的细胞不可混淆的“特征”,是免疫系统区分自身和异体物质的基础(来源于维基百科)。二、HLAScanHL......
作为生物dog,相信分子生物学实验做的不少(当然,因为专业原因,我虽然做过,但是很少),而这个往往离不开引物设计,在引物设计完成后,我们如何验证引物的特异性,防止扩增的时候引入杂带呢?下面我将介绍两种方法进行校验,希望能对你有所帮助!一、primer-blastprimer-blast是NCBI平台下的一个引物设计软件,其使用Primer3 设计 PCR 引物,同时使用blast和......
NCBI的nr、nt库包含了基本上所有现有已知物种的序列信息,再进行blast时,由于数据库较大,搜索时间会比较长,同时可能会有其他物种信息干扰。因此我们可以根据NCBI提供的物种分类号对其进行拆分,下面以nr库进行举例说明。一、准备1.1、数据: nr库:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ accession2......
FASTQ格式是一种保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式。格式FASTQ文件中,一条序列信息由四行组成。 第一行以@开头,之后为序列的标志符和描述信息; 第二行为序列信息; 第三行以+开头,后面可加上序列标志符,描述信息,也可以不加任何东西; 第四行为第二行每个碱基的质量得分,以单个ASCII字符表示;一个FASTQ例子如......