Annovar的安装和使用
ANNOVAR 是一种高效的软件工具，可利用最新信息对从不同基因组（包括人类基因组 hg18、hg19、hg38 以及小鼠、蠕虫、果蝇、酵母和许多其他基因组）中检测到的遗传变异进行功能注释。ANNOVAR 可以执行： 基于基因的注释：确定 SNP 或者 CNV 是否会导致蛋白质编码变化和影响氨基酸。用户可以灵活使用RefSeq genes, UCSC genes, ENSEMBL ge......
分类:生物
基于高通量数据进行HLA分型
一、简介HLA即人类白细胞抗原（human leukocyte antigen），是编码人类的主要组织相容性复合体（MHC）的基因。其位于6号染色体的短臂上（6p21.31），包括一系列紧密连锁的基因座，与人类的免疫系统功能密切相关。其中部分基因编码细胞表面抗原，成为每个人的细胞不可混淆的“特征”，是免疫系统区分自身和异体物质的基础（来源于维基百科）。二、HLAScanHL......
引物特异性验证
作为生物dog，相信分子生物学实验做的不少（当然，因为专业原因，我虽然做过，但是很少），而这个往往离不开引物设计，在引物设计完成后，我们如何验证引物的特异性，防止扩增的时候引入杂带呢？下面我将介绍两种方法进行校验，希望能对你有所帮助！一、primer-blastprimer-blast是NCBI平台下的一个引物设计软件，其使用Primer3 设计 PCR 引物，同时使用blast和......
按物种拆分blast本地库
NCBI的nr、nt库包含了基本上所有现有已知物种的序列信息，再进行blast时，由于数据库较大，搜索时间会比较长，同时可能会有其他物种信息干扰。因此我们可以根据NCBI提供的物种分类号对其进行拆分，下面以nr库进行举例说明。一、准备1.1、数据： nr库：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ accession2......
生物信息常用文件格式（2）- FASTQ
FASTQ格式是一种保存生物序列（通常为核酸序列）及其测序质量得分信息的文本格式。格式FASTQ文件中，一条序列信息由四行组成。 第一行以@开头，之后为序列的标志符和描述信息； 第二行为序列信息； 第三行以+开头，后面可加上序列标志符，描述信息，也可以不加任何东西； 第四行为第二行每个碱基的质量得分，以单个ASCII字符表示；一个FASTQ例子如......
