生信之旅

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问题解决记录:anaconda 中的R找不到ldpaths

最近公司的流程跑不通了,相关人员反馈后通过日志信息发现报错信息如下R: 238: .: Can't open xxx/etc/ldpaths直接查看该路径发现确实没有ldpaths,而后直接运行R时发现还是报该错,说明这是R直接出现了问题,而不是某个包,通过查看其他anaconda 环境的R,发现了ldpaths这个文件,查看后,发现该文件主要是设置java环境等环境变量,故我将其......

生信软件安装方式浅谈-随笔

生信软件的安装方式一般分为几种:    1. 使用apt、pip之类的包管理器进行安装(需要掌握管理器命令)    2. 直接下载使用(简单实用)    3. 软件源码编译(需要一定基础和耐心)         对于上诉方法来说,直接下载使用是最方便的方法;其次是使用apt、pip、conda之类的包管理器,也是比较方便的,国内的话建议更换国内源,可以增加下......

Python不得不会的知识点-赋值与拷贝

这段时间在写一个软件,但是近期在测试时发现了有问题,经过多次测试和排查,终于找到了问题所在,就是直接Python的对象引用及拷贝问题。下面讲解梳理下这方面的知识点: 直接赋值:引用当前对象,不涉及新内存的创建 浅拷贝:仅拷贝当前对象,不拷贝当前对象的子对象 深拷贝:当前对象及其子对象均拷贝下面用例子来讲解这几种方法的区别一、直接赋值a = [1,......

GraPhlAn的安装

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MetaPhlAn2安装及使用

MetaPhlAn2是分析微生物群落组成的一个工具,在分析宏基因组数据时十分有用。......

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