生信之旅

标签:GWAS

曼哈顿图的绘制

昨天我们已经介绍了GWAS分析,今天我们来介绍下曼哈顿图的绘制,一般来说,我们常使用R,qqman包来进行绘制的,但是个人觉得其配色不是很好看,今天向大家推荐一个R包CMplot(github项目地址:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot),该包不仅可以绘制曼哈顿图、qq图,还可以绘制SNP分布热图,配色方面也很美观,先来欣赏下吧(由测试数据绘制)。......

GWAS分析-EMMAX软件

GWAS的全称是全基因组关联分析(Genome-wide association study),从物种基因组范围内中找出存在的单核苷酸多态性(SNP),与某种表型进行关联分析,从而找出与表型相关的SNPs。进行GWAS分析的软件有很多,今天我们主要使用EMMAX软件,其官网为(http://genetics.cs.ucla.edu/emmax/),该软件使用的是混合模型。下面介绍它的安装及使用:......

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