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LDHEATMAP包的使用

由于文章的需要,需要对LD block进行修改,之前是用HaploView进行绘制的,但是调整不了出图参数,故尝试使用R包LDheatmap重新绘制。

首先是LDheatmap的安装,由于其依赖包 snpStats在Bioconductor  上,故先安装该包,再安装 LDheatmap

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
 BiocManager::install("snpStats")
 install.packages("LDheatmap")

安装完成后可以尝试使用其测试集CEUData进行尝试,该数据集包含CEUSNP、CEUDist两个集合, CEUSNP 为SNP数据,其中每行为一个样本,每列为一个SNP, CEUDist 则是对应SNP的位置

data(CEUData) # 包含CEUSNP、CEUDist 
rgb.palette <- colorRampPalette(rev(c("blue", "orange", "red")), space = "rgb") # 设置颜色 
MyHeatmap <- LDheatmap(CEUSNP, genetic.distances = CEUDist, color = rgb.palette(18),flip=T)

需要注意的是,如果是用自己的数据, SNP数据集中每列的类型是”genotype” “factor”,所以需要使用genetics包进行转换,由于该包是 LDheatmap 的依赖包,所以我们不需要重新安装,直接使用即可,如下所示,其中mydata为你的数据集( 其中每行为一个样本,每列为一个SNP )

library(genetics)
for(i in 1:ncol(mydata)){
   mydata[,i]<-as.genotype(mydata[,i]) 
 }

ld block

测试数据集效果

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