生信之旅

蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。一般来说，现在分析蛋白质互作网络使用的是string在线数据库进行分析，而后再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。

一、string数据库的使用

官网：https://www.string-db.org/

打开官网，点击Multiple Proteins ，在输入框中输入差异表达基因名，一行一个，选择好物种后，点击search,而后再选择continue

图1

图2

在结果中，点击exports后可以选择下载tsv文件及互作网络图。

图3

二、cytoscape使用

官网：https://cytoscape.org/

Cytoscape是一个开放源代码软件平台，用于可视化复杂的网络并将其与任何类型的属性数据集成。在使用之前我们需要下载安装，安装完成后，我们可以导入之前导出的tsv网络文件。

2.1、导入网络文件

打开Cytoscape后，在菜单栏选择file -> import -> network from file,选择string导出的tsv文件即可。

2.2、hub基因查找

hub基因是具有代表性的一些基因，在生物学过程中发挥着比较重要的作用，要分析hub基因，我们需要安装cytohubba app,安装也比较简单，在cytoscape选择app -> app manager,然后查询cytohubba，再点击安装即可。

图4

安装完成后，点击左边选项卡选择cytohubba，而后选择对应的网络文件，点击计算，而后再选择显示的top数量，点击submit即可。

图5

而后即可将rand信息和图片信息导出。