生信之旅

最新文章

SSH/SFTP通过SSH Tunnel跳板机登录内部服务器

近期在公司服务器(这里简称为A)上下载数据,由于通过网页下载比较麻烦,就想通过sftp来传输数据,但是一开始在A 上找不到对应的数据路径,而后通过查看网页端服务器配置发现了其代理了另一台机器(B),最终发现B是A上开的虚拟机,路径找到了,但是连接却成了问题。我想把数据直接下载到分析服务器(C)上,但是C直接访问不到B。......

debian11增加开机自启脚本

在低版本的debian系linux系统中,增加开机自启脚本比较简单,直接修改/etc/rc.local文件,在exit 0之前增加需要运行的脚本即可。但是现在在高版本的linux中默认没有开启该功能,接下来我们同个设置来开启该功能。首先,我们到/lib/systemd/system目录下,在该目录下,可以发现有个rc-local.service文件,使用文本编辑器,在最后加上下列信息......

按物种拆分blast本地库

NCBI的nr、nt库包含了基本上所有现有已知物种的序列信息,再进行blast时,由于数据库较大,搜索时间会比较长,同时可能会有其他物种信息干扰。因此我们可以根据NCBI提供的物种分类号对其进行拆分,下面以nr库进行举例说明。一、准备1.1、数据: nr库:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ accession2......

生物信息常用文件格式(3)- SAM/BAM

bam格式是目前最常见的比对数据存储格式,其是一种高度压缩的格式,sam是其文本格式,下面将与sam格式进行说明。sam格式是一个tab键分隔的文本格式,包含两个部分: header section (可选的) alignment section。其中header 行以‘@’开头,若存在header,则必须在alignment 行之前。alignment 行包含......

生物信息常用文件格式(2)- FASTQ

FASTQ格式是一种保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式。格式FASTQ文件中,一条序列信息由四行组成。 第一行以@开头,之后为序列的标志符和描述信息; 第二行为序列信息; 第三行以+开头,后面可加上序列标志符,描述信息,也可以不加任何东西; 第四行为第二行每个碱基的质量得分,以单个ASCII字符表示;一个FASTQ例子如......

公告栏

有任何问题均可以在文章页面留言!或者邮件 burning@burning.net.cn 欢迎关注微信公众号 “生信之旅”,每天均可在菜单栏领取外卖红包、支付宝红包!最高20元!

服务器推荐

欢迎关注公众号

欢迎关注生信之旅