生信之旅

标签:文件格式

PCR eds文件提取解析

由于项目需要,需要使用PCR的数据,虽然可以从eds文件中导出excel文件,但是相对来说比较麻烦,所以就在寻找一种能直接处理eds文件的方法或者脚本,找了好久都没找到,最后在网上找到了答案,eds文件本身是一个压缩文件,直接将文件后缀修改为zip后,解压缩即可,不过其中的图像文件暂时还没办法解析! 参考:1. https://github.com/nzxzxw/e......

生物信息常用文件格式(3)- SAM/BAM

bam格式是目前最常见的比对数据存储格式,其是一种高度压缩的格式,sam是其文本格式,下面将与sam格式进行说明。sam格式是一个tab键分隔的文本格式,包含两个部分: header section (可选的) alignment section。其中header 行以‘@’开头,若存在header,则必须在alignment 行之前。alignment 行包含......

生物信息常用文件格式(2)- FASTQ

FASTQ格式是一种保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式。格式FASTQ文件中,一条序列信息由四行组成。 第一行以@开头,之后为序列的标志符和描述信息; 第二行为序列信息; 第三行以+开头,后面可加上序列标志符,描述信息,也可以不加任何东西; 第四行为第二行每个碱基的质量得分,以单个ASCII字符表示;一个FASTQ例子如......

生物信息常用文件格式(1)- FASTA

Fasta文件格式是最常用的生物信息文件格式之一,其是文本文件,用于表示核苷酸或者蛋白质序列,其中碱基对或氨基酸使用单字母代码表示,其可用常用的文本编辑器打开。FASTA文件以>开头的单行描述符开始,后面紧跟序列行。建议所有文本行的长度小于80。一个FASTA示例如下:>NM_001126117.2 Homo sapiens tumor protein p53 (TP53), tran......

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