按物种拆分blast本地库
NCBI的nr、nt库包含了基本上所有现有已知物种的序列信息，再进行blast时，由于数据库较大，搜索时间会比较长，同时可能会有其他物种信息干扰。因此我们可以根据NCBI提供的物种分类号对其进行拆分，下面以nr库进行举例说明。一、准备1.1、数据： nr库：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ accession2......
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基于HMM模型的kegg注释软件KofamKOALA
KEGG数据库是了解生物系统（例如细胞、生物、生态系统）的实用性数据库，是国际最常用的生物信息数据库之一。一般进行kegg注释我们都是通过kegg网页版或者其API进行提交，今天我们介绍一个基于hmm模型进行本地kegg注释的软件KofamKOALA。 KofamKOALA 基于KOfam（KEGG Orthologs (KOs)定制的HMM数据库），通过使用HM......
蛋白互作网络分析（PPI）
蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。一般来说，现在分析蛋白质互作网络使用的是string在线数据库进行分析，而后再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。一、string数据库的使用官网：https://www.string-db.org/打开官网，点击Multiple Proteins ，在输入框中输入差异表达基因名，一行一个，选择好物种后，点......
Aspera下载EBI数据时出错
今天在用Aspera下载EBI数据时出错ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting.Session Stop (Error: Failed to open TCP connection for SSH) 让我一脸懵逼，后面通过添加参数-P 33001解决了该错误（注意P为大写），在此记录下！......
PDFtools 小工具处理PDF文件
由于工作的需要，有时候需要处理PDF文件，包含PDF文件提取、合并、PDF转图片、图片转PDF等。之前都是需要的时候才写个脚本转一下，但是时间久了就忘了脚本放哪了，重新写又要重新看相应方法的介绍，很费时费力，故将其写成了一个小工具方便后续使用。目前集成了以下几个功能：1、PDF页面提取2、PDF文件合并3、PDF转图片4、图片转PDF(支持cbz, html,......
