基于高通量数据进行HLA分型
一、简介HLA即人类白细胞抗原（human leukocyte antigen），是编码人类的主要组织相容性复合体（MHC）的基因。其位于6号染色体的短臂上（6p21.31），包括一系列紧密连锁的基因座，与人类的免疫系统功能密切相关。其中部分基因编码细胞表面抗原，成为每个人的细胞不可混淆的“特征”，是免疫系统区分自身和异体物质的基础（来源于维基百科）。二、HLAScanHL......
标签:软件
Linux终端下阅读Markdown文档
在日常工作中，我们时不时会遇到markdown文档,一般我们都是需要用特定的软件进行打开，在终端上一般都是直接查看其源码，看起来会比较难受，今天推荐一款在Linux 终端下查看markdown文档的软件mdv，可以实现在终端下直接查看markdown文档，非常方便。一、安装mdv是基于Python的Markdown viewer，安装很简单pip install mdv......
按物种拆分blast本地库
NCBI的nr、nt库包含了基本上所有现有已知物种的序列信息，再进行blast时，由于数据库较大，搜索时间会比较长，同时可能会有其他物种信息干扰。因此我们可以根据NCBI提供的物种分类号对其进行拆分，下面以nr库进行举例说明。一、准备1.1、数据： nr库：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ accession2......
基于HMM模型的kegg注释软件KofamKOALA
KEGG数据库是了解生物系统（例如细胞、生物、生态系统）的实用性数据库，是国际最常用的生物信息数据库之一。一般进行kegg注释我们都是通过kegg网页版或者其API进行提交，今天我们介绍一个基于hmm模型进行本地kegg注释的软件KofamKOALA。 KofamKOALA 基于KOfam（KEGG Orthologs (KOs)定制的HMM数据库），通过使用HM......
蛋白互作网络分析（PPI）
蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。一般来说，现在分析蛋白质互作网络使用的是string在线数据库进行分析，而后再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。一、string数据库的使用官网：https://www.string-db.org/打开官网，点击Multiple Proteins ，在输入框中输入差异表达基因名，一行一个，选择好物种后，点......
公告栏
有任何问题均可以在文章页面留言！或者邮件
burning@burning.net.cn
欢迎关注微信公众号 “生信之旅”，每天均可在菜单栏领取外卖红包、支付宝红包！最高20元！
欢迎关注公众号
