之前在网上看到别人的图的坐标轴的标签有颜色,当时就很好奇这是如何实现,所以后面查了一波资料,并且不断尝试,最终终于让我研究出来了,故在此记录一下,也为了能帮助到需要的人,闲话不多说了,让我们开始吧。一、具体代码library(ggplot2)test_data <-data.frame(x=c("sample1","sample2","sample3",y=c(10,15,......
昨天我们已经介绍了GWAS分析,今天我们来介绍下曼哈顿图的绘制,一般来说,我们常使用R,qqman包来进行绘制的,但是个人觉得其配色不是很好看,今天向大家推荐一个R包CMplot(github项目地址:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot),该包不仅可以绘制曼哈顿图、qq图,还可以绘制SNP分布热图,配色方面也很美观,先来欣赏下吧(由测试数据绘制)。......
GWAS的全称是全基因组关联分析(Genome-wide association study),从物种基因组范围内中找出存在的单核苷酸多态性(SNP),与某种表型进行关联分析,从而找出与表型相关的SNPs。进行GWAS分析的软件有很多,今天我们主要使用EMMAX软件,其官网为(http://genetics.cs.ucla.edu/emmax/),该软件使用的是混合模型。下面介绍它的安装及使用:......
由于文章的需要,需要对LD block进行修改,之前是用HaploView进行绘制的,但是调整不了出图参数,故尝试使用R包LDheatmap重新绘制。
首先是LDheatmap的安装,由于其依赖包 snpStats在Bioconductor 上,故先安装该包,再安装 LDheatmap
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = ......
首先,在gimp的官网上下载最新版的gimp。然后解压缩。在命令行下进入到gimp解压后的目录下,运行./configure命令进行安装。然后发现需要babl >= 0.1.10。所以我到babl官网下载最新的babl进行安装。解压缩后,在命令行进入到babl的解压缩的目录下,分别运行如下命令进行安装。./configuremakesudo make in......