GGPLOT2 设置坐标轴标签颜色
之前在网上看到别人的图的坐标轴的标签有颜色，当时就很好奇这是如何实现，所以后面查了一波资料，并且不断尝试，最终终于让我研究出来了，故在此记录一下，也为了能帮助到需要的人，闲话不多说了，让我们开始吧。一、具体代码library(ggplot2)test_data <-data.frame(x=c("sample1","sample2","sample3",y=c(10,15,......
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曼哈顿图的绘制
昨天我们已经介绍了GWAS分析，今天我们来介绍下曼哈顿图的绘制，一般来说，我们常使用R，qqman包来进行绘制的，但是个人觉得其配色不是很好看，今天向大家推荐一个R包CMplot（github项目地址:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot），该包不仅可以绘制曼哈顿图、qq图，还可以绘制SNP分布热图，配色方面也很美观，先来欣赏下吧（由测试数据绘制）。......
GWAS分析-EMMAX软件
GWAS的全称是全基因组关联分析（Genome-wide association study），从物种基因组范围内中找出存在的单核苷酸多态性（SNP），与某种表型进行关联分析，从而找出与表型相关的SNPs。进行GWAS分析的软件有很多，今天我们主要使用EMMAX软件，其官网为（http://genetics.cs.ucla.edu/emmax/），该软件使用的是混合模型。下面介绍它的安装及使用：......
LDHEATMAP包的使用
由于文章的需要，需要对LD block进行修改，之前是用HaploView进行绘制的，但是调整不了出图参数，故尝试使用R包LDheatmap重新绘制。
首先是LDheatmap的安装，由于其依赖包 snpStats在Bioconductor 上，故先安装该包，再安装 LDheatmap
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = ......
在UBUNTU16.04下从源码安装GIMP2.8
首先，在gimp的官网上下载最新版的gimp。然后解压缩。在命令行下进入到gimp解压后的目录下，运行./configure命令进行安装。然后发现需要babl >= 0.1.10。所以我到babl官网下载最新的babl进行安装。解压缩后，在命令行进入到babl的解压缩的目录下，分别运行如下命令进行安装。./configuremakesudo make in......
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