GraPhlAn的安装
上次我们介绍了metaphlan2，其分析完后若需要绘制GraPhlan图，则需要安装GraPhlan，下面我就该软件的安装以及遇到的问题进行记录。一、安装1.1、GraPhlAn的安装GraPhlAn的安装比较简单，可以使用Bioconda、pip或者github源码安装1、Bioconda: conda install -c bioconda graph......
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MetaPhlAn2安装及使用
MetaPhlAn2是分析微生物群落组成的一个工具，在分析宏基因组数据时十分有用。......
pyinstaller 打包踩坑记录
一、简介pyinstaller是一个简单的打包模块，可以将打包的软件移植到windows平台使用，无需配置环境啥的，特别方便二、遇坑记录 Fail to execute script xx 黑框框一闪而过 WARNING: Hidden import "sip" not found! INFO: UPX is not available其中前面两......
将VARIANT CALL FORMAT（VCF）文件转为CSV文件
由于实习工作的需要，得将VCF文件转为CSV文件，这里我使用的是Python3和pyvcf这个包来进行转换。在官网教程中提及了vcf_melt脚本，该脚本好像也可以进行转换，但是我这边尝试了每次成功，所以我就直接编写代码进行转换，具体代码如下：#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- # @Time : 18-5-31 下午3......
PYTHON3 利用REQUESTS库设置代理时遇到的小问题
在利用Python的requests库设置代理时，我发现设置代理后，访问网页还是显示我原来的ip，一直百思不得其解。后来百度了一波，最终找到了结果。我原来的设置为：{'http': 'http://39.91.73.21:8118'}后来改为了：{'http': 'http://39.91.73.21:8118&#......
