一、安装

1.1、GraPhlAn的安装

GraPhlAn的安装比较简单，可以使用Bioconda、pip或者github源码安装

1、Bioconda: conda install -c bioconda graphlan
2、Pip : pip install graphlan
3、github： git clone https://github.com/biobakery/graphlan.git
            pip install .

用上述任意一种方法安装均可，但是由于在使用前需要使用export2graphlan进行转格式（我这里安装的时候没有带有这个脚本），所以还需要安装export2graphlan。

1.2、export2graphlan的安装

export2graphlan的安装也比较简单，可以通过bioconda或者github源码进行安装

1、bioconda: conda install export2graphlan
2、git clone git@github.com:SegataLab/export2graphlan.git
   export PATH=`pwd`/export2graphlan/:$PATH

我这里用的是github源码安装，直接拷贝代码到本地目录即可，但是在运行时发现其找不到hclust2库，由于在拷贝代码时hclust2也是一同拷贝过来的，只不过在导入的时候，python找不到库的位置而已，这时只需要进入到hclust2的目录，新建__init__.py文件即可。

二、简单使用

该脚本的使用也比较简单

# 先转换格式文件
export2graphlan.py  --skip_rows 1,2 -i a --tree merged_abundance.tree.txt --annotation merged_abundance.annot.txt --most_abundant 100 --abundance_threshold 1 --least_biomarkers 10 --annotations 5,6 --external_annotations 7 --min_clade_size 1
# 绘图
graphlan_annotate.py --annot merged_abundance.annot.txt merged_abundance.tree.txt new_out.tree
graphlan.py --dpi 300 new_out.tree new.png --external_legends
# 命令仅供参考，更详细的命令请使用脚本名+--help进行查看