MetaPhlAn2是分析微生物群落组成的一个工具，在分析宏基因组数据时十分有用。其官网为：https://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan

一、安装

1.1、软件安装

该软件的安装比较简单，可以使用bioconda进行安装，或者直接下载其源码文件即可。不过其依赖于python2（所需库：argparse, tempfile, numpy, and Biopython ），在其GitHub页面显示了python3也支持，所以python2或者3都不要紧。还有一些可选的库也可以安装：（这个主要看你的需求，像我仅用到其计算物种丰度的功能，没用到绘图，所以我就没安装，不过建议都安装吧）

1. BowTie2
2. perl
3. biom
4.  hclust2
5. GraPhlAn
6. python库： matplotlib, scipy, pylab

如果你是通过源码安装的话，建议使用export将软件运行目录添加到环境变量中

export PATH=your_MetaPhlAn2_path:$PATH
export mpa_dir="your MetaPhlAn2 path"

# 上面只能在当前环境中使用，退出了当前终端就不能用了，如果要永久使用的话，将其写到你的主目录下的.bashrc文件中，再运行 source .bashrc即可

1.2、数据库安装

该软件的运行需要用到数据库，本来其会在运行时自动下载的，但是由于我用到的服务器连不到外网，所以只能手动安装了，最开始我是从其源代码处获得了数据库的下载链接，但是发现该网站打开不了了，真是令人头大！在其官网也找不到下载数据库的地方，后面找了很久，终于在MetaPhlAn3的github页面找到了数据库的下载地址

• Dropbox
• Google Drive
• Zenodo

我选择了谷歌云盘的下载地址。下载完成后将其放到软件目录下的metaphlan_databases目录中，没有就新建一个，然后运行

python3 metaphlan2.py --install

等待其安装完成即可。

建议：你如果有网的话直接运行上诉的命令或者直接开始运行分析命令即可下载（不过该网站不能访问了，后续不知道还能不能），当不能下载的时候，根据软件输出的日志文件所显示的文件，按照上诉步骤下载安装好即可。

二、简单使用

我这里使用的是双端文件，由于其一次只能用一个文件，这里我先使用zcat将其合并

zcat fq1.gz > seq.txt
zcat fq2.gz >> seq.txt
metaphlan2.py --input_type fastq seq.txt > result.log

# result.log 为其输出结果

后续还可以使用其脚本进行绘制热图等，由于我没有用到，这里就不多说了！