生信之旅

分类:计算机

PCR eds文件提取解析

由于项目需要,需要使用PCR的数据,虽然可以从eds文件中导出excel文件,但是相对来说比较麻烦,所以就在寻找一种能直接处理eds文件的方法或者脚本,找了好久都没找到,最后在网上找到了答案,eds文件本身是一个压缩文件,直接将文件后缀修改为zip后,解压缩即可,不过其中的图像文件暂时还没办法解析! 参考:1. https://github.com/nzxzxw/e......

DNA 甲基化测序(Bisulfite-Seq)的比对和检测工具Bismark原理浅析

好久没更新了,最近在弄DNA甲基化测序的东西,接触到了Bismark这个软件,由于对甲基化测序数据的比对有点疑惑,同时文献不长,所以简单看了下,在此做个记录。一、甲基化测序基本原理一般来说,就是将DNA使用重亚硫酸盐处理,使得DNA链中的碱基非甲基化C转为U,而后在PCR流程中转化为碱基A,而甲基化的碱基C不受影响。(更详细的建议自行查找下材料、文献学习)......

最大相关最小冗余(mrmr)特征选择算法

在机器学习中,我们常用到特征选择算法,好的特征对于模型来说,能得到更好的结果。特征选择的好处包括但不限于:1. 降低数据的维度以降低计算复杂度;2. 降低噪声以提高分类准确性;特征选择方法主要有3个类别:1. 过滤法(filters)过滤法本质上是数据预处理和数据过滤方法,特征的选择主要是基于内在特征进行挑选的,例如相关性、判别目标类别的能力、互信息等。其比......

中兴B860AV2.1-M刷机

之前办理移动宽带送的中兴B860AV-2.1M,由于换了工作城市的原因,就办理了退网,这个就一直在吃灰。这段时间突然心血来潮,所以打算重新启用它。......

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