Snakemake 遇到的问题汇总
这里主要记录一些snakemake使用过程中遇到得问题，不定期更新：
1. 配置文件出现未配置项
假设在snakemake规则脚本中使用了configfile: "config.yaml"，则snakemake默认会导入该配置文件，当你通过--configfile指定应一个config文件时（假设名称为config1.yaml , 和config.yaml 不同），这是最终得到的config 参数时两者的并集，config1.yaml 会覆盖config.yaml文件中相同的参数，不同参数会求并集；
2. expand 多个数据集时，仅给其中一个数据集赋值
假如，我需要expand语法中同时存在group和this_dir变量，但是当前我仅想给this_dir进行赋值，则应该添加allow_missing=True，这时expand语法将会跳过未赋值的变量，例如：chr_dir=expand(os.path.join(out, "{group}", "dss", "{this_chr}"), this_chr=chrs_list, allow_missing=True)
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