生信之旅

好久没更新了，最近在弄DNA甲基化测序的东西，接触到了Bismark这个软件，由于对甲基化测序数据的比对有点疑惑，同时文献不长，所以简单看了下，在此做个记录。

一、前言

将DNA使用重亚硫酸盐处理，使得DNA链中的碱基非甲基化C转为U，而后在PCR流程中转化为碱基T，而甲基化的碱基C不受影响（更详细的建议自行查找下材料、文献学习）。亚硫酸盐文库有两种不同的类型：定向测序，主要包括正向序列及其互补序列的转换序列；而第二种是包括了4种情况的序列；

二、 算法浅析

对于比对的算法，由于我们的序列经过C-T,G-A转换（相当于互补链的C-T转换），所以直接用常规的方法进行比对肯定是会有问题的，所以作者将序列进行了C-T,G-A转换，同时将参考序列也进行了该处理；而后将处理后的序列使用bowtie比对到转换后的参考序列上

图一：比对示意图

同时，bismark中的cpg位点有三种情况：CpG、CHG、CHH（其中H表示A、T或C），用z、x、h分别表示这3种情况，小写表示未甲基化，大写表示甲基化。

三、参考

1. Krueger, Felix, and Simon R Andrews. “Bismark: a flexible aligner and methylation caller for Bisulfite-Seq applications.” Bioinformatics (Oxford, England) vol. 27,11 (2011): 1571-2. doi:10.1093/bioinformatics/btr167