LDHEATMAP包的使用
由于文章的需要，需要对LD block进行修改，之前是用HaploView进行绘制的，但是调整不了出图参数，故尝试使用R包LDheatmap重新绘制。
首先是LDheatmap的安装，由于其依赖包 snpStats在Bioconductor 上，故先安装该包，再安装 LDheatmap
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = ......
分类:生物
将VARIANT CALL FORMAT（VCF）文件转为CSV文件
由于实习工作的需要，得将VCF文件转为CSV文件，这里我使用的是Python3和pyvcf这个包来进行转换。在官网教程中提及了vcf_melt脚本，该脚本好像也可以进行转换，但是我这边尝试了每次成功，所以我就直接编写代码进行转换，具体代码如下：#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- # @Time : 18-5-31 下午3......
使用PYTHON3中的MYGENE包来转换基因ID
基因ID之间有时候需要相互转换，下面我介绍一下一个在Python3下的转换基因ID的包mygene
首先，需要安装这个包
pip install mygene
安装成功后即可使用。
import mygene
mg = mygene.MyGeneInfo()
geneName = ['DDX26B',
'CCDC83',
'MAST3',
'FLOT1'......
在UBUNTU系统下安装ASPERA,下载生物学数据
aspera是一个可以在NCBI以及ebi数据库高速下载数据的软件，我们可以通过该软件来快速的下载我们所需要的生物学数据。下面介绍一下它的安装。
安装：
首先，到该软件的官网下载合适系统的版本（http://downloads.asperasoft.com/connect2/），本文以ubuntu为例。
下载完成后，使用命令
tar -zxvf aspera-connect......
在UBUNTU下从源码安装最新的GROMACS-5.1.2
在进行分子动力学模拟时，需要用到Gromacs，该软件是免费的，首先，先到Gromacs的官网下载最新版的Gromacs根据图示下载最新版的Gromacs后，将软件压缩包进行解压，并且将其安装,由于安装要用到cmake，若cmake没有安装的话,则用sudo apt-get install cmake来进行安装，cmake安装成功后，则可以进行下列步骤......
