生信之旅

在进行分子动力学模拟时，需要用到Gromacs，该软件是免费的，首先，先到Gromacs的官网下载最新版的Gromacs

根据图示下载最新版的Gromacs后，将软件压缩包进行解压，并且将其安装,由于安装要用到cmake，若cmake没有安装的话,则用

sudo apt-get install cmake

来进行安装，cmake安装成功后，则可以进行下列步骤

tar xfz gromacs-2016.3.tar.gz
cd gromacs-2016.3
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

最后一个命令运行后则该软件可以使用了,你可以在命令行下使用gmx,然后回车，如果有帮助文档显示，则安装成功了。但是这种方法有缺陷，就是每次进入新的命令行时，都得运行

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

才可以运行该软件，比较麻烦，所以接下来将该命令写入当前用户的配置文件，让其一开机就运行该命令。 首先，运行

 cd

将工作目录切回主目录，然后运行

 la

在显示的文件中找到.bashrc这个文件，或类似的文件（后缀为hrc） 然后使用vim .bashrc 编辑该文件（vim若没有安装可以使用sudo apt-get install vim安装）在该文件的最后加入source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC 这一句然后保存退出，再运行下列命令即可。

source .bashrc