生信之旅

aspera是一个可以在NCBI以及ebi数据库高速下载数据的软件，我们可以通过该软件来快速的下载我们所需要的生物学数据。下面介绍一下它的安装。

安装：

首先，到该软件的官网下载合适系统的版本（http://downloads.asperasoft.com/connect2/），本文以ubuntu为例。

下载完成后，使用命令

tar -zxvf aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.tar.gz
来解压缩得到一个shell脚本，然后点击使用命令

./aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh
来安装该软件。接下来需要配置该软件的环境变量，使用

sudo gedit /etc/environment
来打开系统环境变量文件并在该文件中加入软件的下列路径,每个路径之间用：隔开。/home/burning/为我的主目录
/home/burning/.aspera/connect/bin:/home/burning/.aspera/connect/etc/

然后再使用

source /etc/environment

命令更新环境变量，或者重启电脑。

使用：

ascp -QT -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp   --file-list  ~/data_links.txt outdir

–host     为下载文件所在服务器的地址

–file-list     为需要下载的文件列表的链接所组成的文件

outdir     为下载文件的保存路径

注：–host  与–file-list组成一个文件的完整下载地址