生信之旅

昨天我们已经介绍了GWAS分析，今天我们来介绍下曼哈顿图的绘制，一般来说，我们常使用R，qqman包来进行绘制的，但是个人觉得其配色不是很好看，今天向大家推荐一个R包CMplot（github项目地址:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot），该包不仅可以绘制曼哈顿图、qq图，还可以绘制SNP分布热图，配色方面也很美观，先来欣赏下吧（由测试数据绘制）。

Fig1 SNP分布热图

Fig2 圆形曼哈顿图

Fig3 常规曼哈顿图

Fig4 QQ图

是不是感觉很好看啊！下面我们来介绍下这个包的安装和使用吧。

一、安装

该包的安装极为简单。

install.packages("CMplot")

二、使用

该包的使用也很容易上手，首先我们看下它所需要的数据结构：

library("CMplot")
data(pig60K)
> head(pig60K)
 SNP Chromosome Position    trait1     trait2     trait31 
ALGA0000009          1    52297 0.7738187 0.51194318 0.511943182 
ALGA0000014          1    79763 0.7738187 0.51194318 0.511943183 
ALGA0000021          1   209568 0.7583016 0.98405289 0.984052894 
ALGA0000022          1   292758 0.7200305 0.48887140 0.488871405 
ALGA0000046          1   747831 0.9736840 0.22096836 0.220968366 
ALGA0000047          1   761957 0.9174565 0.05753712 0.05753712

其数据结构主要包含SNP id,染色体id,SNP位置信息，表型GWAS值（多个表型则在后面依次添加多列）

有了数据以后，我们就可以进行绘制了

CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e6,chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"),file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE,width=9,height=6)  # SNP热图
CMplot(pig60K,plot.type="m",LOG10=TRUE,threshold=NULL,file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE,width=14,height=6)  # 曼哈顿图
CMplot(pig60K,plot.type="q",conf.int=TRUE,box=FALSE,file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE,width=5,height=5)  # QQ图

plot.type表示的是绘图的类型，其中d表示SNP热图，m表示曼哈顿图，q表示QQ图，如果想要多个图一起画，可以指定多个类型，例如

plot.type=c("m","q")

chr.den.col可以设置SNP热图的颜色，threshold则可以设置曼哈顿图的显著点。详细参数可以使用

?CMplot

或者查看github上的教程文档来进行设置。

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