生信之旅

分类:计算机

pyinstaller 打包踩坑记录

一、简介pyinstaller是一个简单的打包模块,可以将打包的软件移植到windows平台使用,无需配置环境啥的,特别方便二、遇坑记录 Fail to execute script xx 黑框框一闪而过 WARNING: Hidden import "sip" not found! INFO: UPX is not available其中前面两......

BWM算法浅析-FM(二)

FM indexfm-index是一种结合到BWT和小的辅助数据结构中的索引,它的核心就是BWM中的F与L。虽然BWM与后缀数组有关,但是不能使用与后缀数组相同的查询方法,因为字符串的中间部分我们并没有进行保存。这里我们使用上一篇文章所用的字符串S(ACGTAA)作为示范。见下图所示,其中红线部分未保存。FM Index 查询当我们需要查询子字符串P在字典序排序矩阵M中行的......

BWT算法浅析-(一)

一、前言BWT算法对数据量大的数据来说,压缩比较有效,目前已经广泛用于生物学数据的存储中,例如bowtie就使用到了这一策略。虽然之前在大学期间学过该算法,但是有点遗忘了,故重新复习一番。二、什么是BWT?严格来说,BWT并不是压缩算法,它仅是把需要压缩的字符重新排列,将相同的字符排在一起或者相邻位置,使其更易被压缩。三、BWT原理BWT算法主要分为两个......

虚拟机VirtualBox安装Linux系统

今天我们来讲下Linux系统的安装,由于我常用的是Debian系的linux系统(毕竟大学时入门的是Ubuntu),所以我今天就讲下这个的安装,不过其实Linux系统的安装都差不多。一、准备 虚拟机:Oracle VM VirtualBox或者VM(当然如果你有真实机器也行或者弄个双系统啥的,我这里用的是VirtualBox) Linux系统:这里我用的是深度,毕竟桌面页面......

云服务器推荐

作为生信分析人员,学会Linux是硬性要求,毕竟大多数软件都是Linux平台的,对于初学者来说,这是有一定难度的。要学习Linux,就必须要有Linux系统,一般来说有以下几种方式: Windows10平台可以开启WSL; 安装虚拟机; 机器安装linux系统(这个建议对Linux有一定了解再折腾吧) 购买vps,使用云服务器这里主要讲最后一种,毕......

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